El gol deJack Grealish en el minuto 81 parecía haber ganado el partido para el campeón City, pero el cabezazo de Dejan Kulusevski en el minuto 90 condenó al City a un tercer empate consecutivo.
Guardiola y los suyos también se enfurecieron cuando Grealish se marchó solo en el tiempo añadido, pero el árbitro Simon Hooper detuvo el juego por una falta sobre Erling Haaland en la jugada previa, cuando inicialmente había permitido la ventaja.
Después de que se calmara el polvo de un encuentro frenético, el City se quedó en el tercer puesto de la clasificación, a tres puntos del líder , el Arsenal, y a uno del Liverpool. Guardiola también había recuperado la compostura tras perder la calma en los últimos compases.
Su equipo ha encajado ocho goles en sus tres últimos partidos de la Premier League, y a mediados de la semana también recibió dos contra el RB Leipzig en la Liga de Campeones.
"La actuación fue bastante similar a lo que hemos hecho últimamente", dijo Guardiola en rueda de prensa. "La gente dice que te preocupan los goles que encajas, por supuesto, pero las ocasiones que concedemos, no.
"No es la primera vez que estamos en esta situación en la que jugamos bien pero los resultados no llegan".
Sobre la polémica de última hora, Guardiola se negó a culpar a la decisión de que su equipo no ganara.
"Yo cometo errores, los jugadores también", dijo Guardiola. "Me sorprendió porque cuando Erling cayó si se pita entonces está bien, pero cuando se levanta y continúa y el árbitro hizo el gesto de seguir jugando, entonces después de hacer el pase detiene el juego".
"Después (Haaland) hizo el pase y paró el juego. No quiero criticarles. En la línea de banda a veces pierdo la cabeza, mi gesto no fue correcto.
"Yo diría que no empatamos por eso. Ellos están contentos, el Tottenham por el punto. Nosotros estamos menos contentos, pero el rendimiento es similar al que hemos tenido últimamente".
El Tottenham, mermado por las lesiones, puso fin a una racha de tres derrotas consecutivas en liga, y su técnico, Ange Postecoglou, afirmó que esperaba que su equipo estuviera saliendo de un periodo difícil que comenzó con la derrota ante el Chelsea.
Las lesiones y las sanciones han causado estragos en su equipo tras un magnífico comienzo de temporada, pero el empate del domingo en el campo del City debería permitirles afrontar con buen ánimo el choque del jueves en casa contra el West Ham United.
"Siempre pienso que si puedes superar estos periodos difíciles siendo fiel al equipo que quieres ser, sales fortalecido, independientemente de los golpes que te lleves por el camino", declaró el australiano.